Humorális Immunválasz, Immunbiotechnológia Kutatócsoport
A kutatócsoport vezetője: Dr. Kacskovics Imre
Kutatási koncepció
Kutatásunk során egy onkohematológiai daganattípusban, a myeloma multiplexben szenvedő betegek legkorszerűbb diagnosztikáját állítjuk be. A betegség diagnózisának időpontjából származó csontvelői mintákból új generációs szekvenálással (NGS) meghatározzuk a myeloma klónt jellemző ellenanyag variábilis régiójának CDR3 szekvenciáját, mely a tumorsejtet egyedileg („ujjlenyomatként”) azonosítja. A páciensek terápiát követő, legtöbbször remissziós állapotából kapott vérminták (és esetenként csontvelői minták) NGS elemzése során az egyes betegekre jellemző, korábban azonosított CDR3 szekvenciák meglétét/hiányát vizsgáljuk. Emellett a már ismert „célpont” CDR3 szekvenciákra tervezünk specifikus gén-assay-ket a ddPCR elemzéshez, amellyel a nagyobb kihívást jelentő plazmában keringő sejtmentes DNS vizsgálatát tudjuk megbízhatóbbá tenni. Ezek a nemzetközi szakirodalom szerint is a betegség monitorozásának legérzékenyebb módszerei, fontos eszközei lehetnek a terápia folytatására vagy abbahagyására irányuló klinikusi döntésnek.
A myeloma multiplex monitorozására kidolgozott DNS alapú módszer elterjedőben van a fejlett országokban, az USA-ban az FDA már engedélyezett is egy ilyen elven működő szolgáltatást (Adaptive Biotechnologies: clonoSEQ). Eredményes megvalósítása és sikeres törzskönyvezését követően tervünk olyan molekuláris biomarker szolgáltatás biztosítása, amely a már meglévő módszerek mellett hozzájárulhat az ebben a betegségben szenvedő emberek hatékonyabb kezeléséhez. A módszer orvos-közgazdasági árképzésének értékelése alapján (Kaló Zoltán professzor és munkatársai, ISPOR 2020) jelentős anyagi megtérülése is lehet a szolgáltatás alkalmazásának, amit az ELTE Biotechnológia FIEK keretében megvalósuló akkreditált molekuláris biomarker laboratóriumban tervezünk végezni.
Együttműködéseink
- Dél-pesti Centrumkórház Országos Hematológiai és Infektológiai Intézet – orvosi-klinikai háttér, myeloma multiplex vér-és csontvelő minták
- Semmelweis Egyetem I. sz. Patológiai és Kísérleti Rákkutató Intézet Molekuláris Onkohematológia Kutatócsoport – plazma sejtmentes DNS elemzés, ddPCR elemzés
Kutatási szolgáltatások
- Szolgáltatás keretében humán B-sejteket tartalmazó minták új-generációs szekvenálással (NGS) történő elemzését tudjuk megvalósítani. Ennek során a mintákból DNS izolálását, ellenanyag-specifikus DNS-könyvtár létrehozását végezzük el, az NGS-t szolgáltatásként kiszervezzük. A szekvenálási adatokat egy általunk kidolgozott bioinformatikai pipeline segítségével elemezzük.
- Az NGS segítségével azonosított egyedi ellenanyag génátrendeződésekre specifikus digitális droplet PCR (ddPCR) assay-ket tudunk tervezni, majd a ddPCR méréseket és azok kiértékelését kollaborációban végezzük el.
Emberi erőforrások
- Prof. Dr. Kacskovics Imre, egyetemi tanár
- Szikora Bence, doktorjelölt
- Marx Anita, doktorandusz
- Osváth Magdolna, MSc hallgató
A kutatócsoport releváns publikációi
- Nagy Ákos, Bátai Bence, Kiss Laura, Marx Anita, Pinczés László Imre, Papp Gergő, Kacskovics Imre, Alpár Donát, Bödör Csaba. (2020) Folyadékbiopszia-vizsgálatok alkalmazási lehetőségei az onkohematológiában, Hematológia–Transzfuziológia, 5. évfolyam 3. szám 144-156
- Szikora B, Marx A, Jani PK, Pipek O, Müller V, Csabai I, Kacskovics I. FcRn Overexpression Expands Diversity of the Humoral Immune Response in bFcRn Transgenic Mice. Front. Immunol. 2020 Aug 21;11:1887.
- Kaló, Zoltán ; Vályi-Nagy, István ; Szekely, A. ; Szikora, Bence ; Bendes, R. ; Varga, G. ; Szilberhorn, Lászó ; Nagy, Balázs ; Mikala, Gábor ; Kacskovics, Imre PPM6 early phase economic evaluation of new generation sequence diagnostics in multiple myeloma. Value in Health 23 : Supplement 1 pp. S326-S327. (2020)
Támogatás
- 2017.04. – 2018.09. és 2021.04-től: Molekuláris biomarker kutatási és szolgáltatási központ kialakítása az ipari igények kiszolgálása érdekében (FIEK_16-1-2016-0005)
- 2018.10.-2021.03.: Tématerületi Kiválósági Program 2020 – Intézményi Kiválósági Alprogram – TKP2020-IKA-05 (korábbi nevén ELTE Felsőoktatási Intézményi Kiválósági Program – NKFIH-1157-8/2019-DT)